Marcel Chouinard est né en 1948 au Québec. Après l’obtention d’un baccalauréat en Lettres françaises à l’UQAM, il devint enseignant d’histoire et de sociologie à l’UQAM,  à l’UdeM et au Cégep de Rosemont entre 1969 et 1974.

C’est en 1979 que Marcel s’implique au sein de la Coop Vidéo, encore naissante, co-réalisant avec James Gray Le temps d’une virée relatant le combat de pêcheurs madelinots contre la future mine de sel qui menace leur gagne-pain.

Fasciné par le bouillonnement créatif de la Coop Vidéo, il enchaîne et travaille au son de Le royaume est commencé (Robert Morin & Lorraine Dufour, 1980), et de La Réception (Morin, 1989). Il coréalise ensuite les films On se paye la gomme (1984), et Mauvais Mal (1984) avec Robert Morin et Lorraine Dufour.

Fort de ces expériences, Chouinard amorce une collaboration avec François Béland en coréalisant Les grandes Vacances… obligatoires (1987) et Pendant que nos Parents dorment (1990) dont il signe aussi le scénario.

À partir de ce moment, il se concentrera pour la suite davantage sur le son. Il œuvrera donc pendant plus de deux décennies comme preneur de son sur les films de Robert Morin, Catherine Martin, Jean-Pierre St-Louis, André-Line Beauparlant, et Louis Bélanger.

Hors-Coop, Chouinard a également travaillé sur tous les films de Bernard Émond, sur L’Erreur boréale (1999) de Richard Desjardins, À Hauteur d’homme (2003) de Jean-Claude Labrecque, Le Bonheur c’est une chanson triste (2004) de François Delisle, Nouvelles du Nord (2007) de Benoît Pilon, Jo pour Jonathan (2010) de Maxime Giroux, Roméo Onze (2012) de Ivan Grbovic, Le Torrent (2012) de Simon Lavoie, Hôtel La Louisiane (2015) de Michel La Veaux, et Les Êtres chers (2015) de Anne Émond.

Pédagogue, Chouinard dispensera pendant plus de cinq ans (2008-2013) des ateliers destinés aux réalisateurs et réalisatrices de documentaire à l’INIS.

Il sera de l’équipe du prochain long métrage de Louis Bélanger prévu en 2019.